Syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus 2 - Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

Un Article De Wikipédia, L'Encyclopédie Libre

Pin
Send
Share
Send

Syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus 2
Micrographie électronique des virions du SRAS-CoV-2 avec coronae visible
Micrographie électronique à transmission du SRAS-CoV-2 virions avec visible couronne
Illustration d'un virion du SRAS-CoV-2
Illustration d'un virion du SRAS-CoV-2[1]
  Protubérances rouges: protéines de pointe (S)[1]
  Revêtement gris: le enveloppe, composé principalement de lipides, qui peuvent être détruits avec de l'alcool ou du savon[1]
  Dépôts jaunes: protéines d'enveloppe (E)[1]
  Dépôts orange: membrane protéines (M)[1]
Classification des virus e
(non classé):Virus
Royaume:Riboviria
Royaume:Orthornavirae
Phylum:Pisuviricota
Classer:Pisoniviricetes
Commander:Nidovirales
Famille:Coronaviridae
Genre:Bétacoronavirus
Sous-genre:Sarbécovirus
Espèce:
Souche:
Syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus 2
Synonymes
  • 2019-nCoV
Cellules HeLa conçu pour exprimer ACE2 deviennent sensibles à l'infection par le SRAS-CoV-2.

Syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus 2 (SRAS-CoV-2)[2][3] est le souche de coronavirus ça cause maladie du coronavirus 2019 (COVID-19), le maladie respiratoire responsable pour le Pandémie de covid-19. Connu familièrement comme simplement le coronavirus, il était précédemment mentionné par son nom provisoire, nouveau coronavirus de 2019 (2019-nCoV),[4][5][6][7] et a également été appelé coronavirus humain 2019 (HCoV-19 ou hCoV-19).[8][9][10][11] Le Organisation mondiale de la santé a déclaré l'épidémie un Urgence de santé publique de portée internationale le 30 janvier 2020, et un pandémie le 11 mars 2020.[12][13]

SARS-CoV-2 est un Baltimore classe IV[14] virus à ARN simple brin de sens positif[15] C'est contagieux chez les humains.[16] Tel que décrit par les États-Unis Instituts nationaux de la santé, c'est le successeur de SRAS-CoV-1,[10][17] la tension qui a causé le Épidémie de SRAS de 2002 à 2004.

Taxonomiquement, SARS-CoV-2 est une souche de coronavirus lié au syndrome respiratoire aigu sévère (SARSr-CoV).[2] On pense avoir zoonotique origines et a proche similitude génétique aux coronavirus de chauve-souris, suggérant qu'il a émergé d'un virus transmis par la chauve-souris.[18][19][20][9] Il n'y a pas encore de preuves de lier un hôte intermédiaire, tel qu'un pangolin, à son introduction aux humains.[21][22] Le virus montre peu de diversité génétique, ce qui indique que le événement de débordement l'introduction du SRAS-CoV-2 chez les humains est probablement survenue à la fin de 2019.[23] En septembre 2020, sur la base de l'analyse des données, les chercheurs ont rapporté la découverte du génome des virus cas d'index.[24][25]

Épidémiologique les études estiment que chaque infection entraîne 5,7 nouvelles infections lorsqu'aucun membre de la communauté n'est immunitaire et non mesures préventives pris.[26] Le virus se propage principalement entre les personnes par contact étroit et via gouttelettes respiratoires produit par la toux ou les éternuements.[27][28] Il principalement entre dans cellules humaines en se liant au récepteur enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2).[18][29][30][31]

Terminologie

Le nom «2019-nCoV» utilisé dans une enseigne trilingue à un Lisbonne établissement de santé en février 2020.

Au cours de l'épidémie initiale de Wuhan, Chine, divers noms ont été utilisés pour le virus; certains noms utilisés par différentes sources comprenaient le «coronavirus» ou le «coronavirus de Wuhan».[32][33] En janvier 2020, le Organisation mondiale de la santé recommandé «Nouveau coronavirus 2019» (2019-nCov)[34][5] comme nom provisoire du virus. Cela était conforme aux directives de l'OMS de 2015[35] contre l'utilisation de lieux géographiques, d'espèces animales ou de groupes de personnes dans les noms de maladies et de virus.[36][37]

Le 11 février 2020, le Comité international de taxonomie des virus a adopté le nom officiel de «coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère» (SRAS-CoV-2).[21] Pour éviter toute confusion avec la maladie SRAS, l'OMS qualifie parfois le SRAS-CoV-2 de «virus COVID-19» dans les communications de santé publique[38][39] et le nom HCoV-19 a été inclus dans certains articles de recherche.[8][9][10]

Le grand public appelle souvent à la fois le virus et la maladie qu'il provoque "coronavirus". Le président américain Donald Trump a qualifié le virus de «virus chinois» dans les tweets, les interviews et les points de presse de la Maison Blanche, ce qui a suscité des critiques selon lesquelles il stigmatisait la maladie avec des connotations raciales ou nationalistes.[40][41][42]

Virologie

Infection et transmission

Humain à humain transmission du SRAS-CoV-2 a été confirmé le 20 janvier 2020, lors de la Pandémie de covid-19.[16][43][44][45] La transmission était initialement supposée se produire principalement via gouttelettes respiratoires de la toux et des éternuements dans un rayon d'environ 1,8 mètre (6 pi).[28][46] Les expériences de diffusion de la lumière laser suggèrent Parlant- comme mode de transmission supplémentaire.[47][48] D'autres études ont suggéré que le virus pourrait également être en suspension dans l'air, avec aérosols potentiellement capable de transmettre le virus.[49][50][51] Au cours de la transmission interhumaine, on pense qu'en moyenne 1 000 virions infectieux du SRAS-CoV-2 sont à l'origine d'une nouvelle infection.[52][53]

Contact indirect via surfaces contaminées est une autre cause possible d'infection.[54] Des recherches préliminaires indiquent que le virus peut rester viable sur le plastique (polypropylène) et acier inoxydable (AISI 304) jusqu'à trois jours, mais ne survit pas sur carton plus d'un jour ou sur cuivre plus de quatre heures;[10] le virus est inactivé par le savon, qui déstabilise son bicouche lipidique.[55][56] Viral ARN a également été trouvé dans échantillons de selles et le sperme d'individus infectés.[57][58]

Le degré auquel le virus est infectieux pendant la période d'incubation est incertain, mais la recherche a indiqué que le pharynx atteint son apogée charge virale environ quatre jours après l'infection[59][60] ou la première semaine de symptômes, et diminue après.[61] Le 1 Février 2020, le Organisation mondiale de la santé (OMS) a indiqué que "la transmission de asymptomatique cas n'est probablement pas un facteur majeur de transmission ».[62] Cependant, un modèle épidémiologique du début de la épidémie en Chine a suggéré que "pré-symptomatique perte peut être typique parmi les infections documentées »et que infections subcliniques peut avoir été la source de la majorité des infections.[63] Cela peut expliquer comment sur 217 à bord d'un paquebot de croisière qui s'est amarré à Montevideo, seuls 24 des 128 testés positifs pour l'ARN viral présentaient des symptômes.[64] De même, une étude portant sur quatre-vingt-quatorze patients hospitalisés en janvier et février 2020 a estimé que les patients excrétaient la plus grande quantité de virus deux à trois jours avant l'apparition des symptômes et qu '"une proportion substantielle de la transmission s'est probablement produite avant les premiers symptômes de la maladie. cas d'index".[65]

Une étude réalisée par une équipe de chercheurs du Université de Caroline du Nord trouvé que le cavité nasale est apparemment le site initial dominant d'infection avec aspiration-virus induit par l'ensemencement dans les poumons dans la pathogenèse du SRAS-CoV-2.[66] Ils ont constaté qu'il y avait un gradient d'infection de haut en proximal vers faible dans les cultures épithéliales pulmonaires distales, avec une infection focale dans les cellules ciliées et les pneumocytes de type 2 dans les voies respiratoires et les régions alvéolaires respectivement.[66]

Il existe des preuves de transmission interhumaine du SRAS-CoV-2, y compris des exemples dans félidés.[67][68] Certaines institutions ont conseillé aux personnes infectées par le SRAS-CoV-2 de restreindre les contacts avec les animaux.[69][70]

Il y a encore beaucoup de questions sur la réinfection et l'immunité à long terme.[71] On ne sait pas à quel point la réinfection est fréquente, mais des rapports ont indiqué qu'elle se produit avec une gravité variable.[71] Le premier cas de réinfection signalé était un homme de 33 ans de Hong Kong qui a été testé positif pour la première fois le 26 mars 2020, a été libéré le 15 avril 2020 après deux tests négatifs et a été testé à nouveau positif le 15 août 2020 (142 jours plus tard), qui a été confirmé par séquençage du génome entier montrant que les génomes viraux entre les épisodes appartiennent à des clades.[72] Les résultats ont eu pour conséquence que immunité collective peut ne pas éliminer le virus si la réinfection n'est pas rare et que vaccins peut ne pas être en mesure de fournir une protection à vie contre le virus.[72] Une autre étude de cas a décrit un homme de 25 ans du Nevada qui a été testé positif au SRAS-CoV-2 le 18 avril 2020 et le 5 juin 2020 (séparés par deux tests négatifs). Étant donné que les analyses génomiques ont montré des différences génétiques significatives entre le variant du SRAS-CoV-2 échantillonné à ces deux dates, les auteurs de l'étude de cas ont déterminé qu'il s'agissait d'une réinfection.[73] La deuxième infection de l'homme était symptomatiquement plus grave que la première infection, mais les mécanismes qui pourraient en expliquer la cause ne sont pas connus.[73]

Réservoir et origine zoonotique

Transmission du SRAS-CoV-1 et du SRAS-CoV-2 des mammifères en tant que porteurs biologiques à l'homme

Les premières infections connues de la souche SARS-CoV-2 ont été découvertes à Wuhan, en Chine.[18] La source originale de transmission virale aux humains reste incertaine, tout comme si la souche est devenue pathogène avant ou après le événement de débordement.[23][74][9] Parce que bon nombre des premières personnes infectées par le virus étaient des Marché de fruits de mer de Huanan,[75][76] il a été suggéré que la souche pourrait provenir du marché.[9][77] Cependant, d'autres recherches indiquent que les visiteurs peuvent avoir introduit le virus sur le marché, ce qui a ensuite facilité l'expansion rapide des infections.[23][78] Une analyse du réseau phylogénétique de 160 génomes de coronavirus précoces échantillonnés de décembre 2019 à février 2020 a révélé que le type de virus le plus étroitement lié au coronavirus de la chauve-souris était le plus abondant dans Guangdong, Chine, et le type désigné "A". Le type prédominant parmi les échantillons de Wuhan, «B», est plus éloigné du coronavirus de la chauve-souris que du type ancestral «A».[79][80]

Recherche sur le réservoir naturel de la souche virale qui a causé la Épidémie de SRAS de 2002 à 2004 a abouti à la découverte de nombreux Coronavirus de chauve-souris de type SRAS, la plupart originaires du Rhinolophus genre de chauves-souris en fer à cheval. L'analyse phylogénétique indique que les échantillons prélevés sur Rhinolophus sinicus présentent une ressemblance de 80% avec le SRAS-CoV-2.[20][81][82] L'analyse phylogénétique indique également qu'un virus de Rhinolophus affinis, collecté dans Province du Yunnan et désigné RaTG13, a une ressemblance de 96% avec SARS-CoV-2.[18][83]

Échantillons prélevés sur Rhinolophus sinicus, une espèce de chauves-souris en fer à cheval, montrent une ressemblance de 80% avec le SRAS-CoV-2.

Les chauves-souris sont considérées comme le réservoir naturel le plus probable du SRAS-CoV-2,[84][85] mais les différences entre le coronavirus de la chauve-souris et le SRAS-CoV-2 suggèrent que les humains ont été infectés via un hôte intermédiaire.[77] Bien que des études aient suggéré des candidats probables, le nombre et l'identité des hôtes intermédiaires restent incertains.[86] Près de la moitié du génome de la souche a une lignée phylogénétique distincte des parents connus.[87]

Pangolin chinois
Le pangolin le coronavirus a jusqu'à 92% de ressemblance avec le SRAS-CoV-2.[88]

UNE phylogénétique étude publiée en 2020 indique que pangolins sont un hôte réservoir de coronavirus de type SRAS-CoV-2.[89] Cependant, il n'y a aucune preuve directe de lier les pangolins en tant qu'hôte intermédiaire du SRAS-CoV-2 pour le moment.[90] Bien qu'il existe un consensus scientifique sur le fait que les chauves-souris sont la source ultime des coronavirus, le pangolin CoV est le soeur à la fois du RaTG13 et du SRAS-CoV-2. Sur la base de la similitude de la séquence du génome entier, une souche candidate de coronavirus pangolin s'est avérée moins similaire que RaTG13, mais plus similaire que les autres coronavirus de chauve-souris au SRAS-CoV-2. Par conséquent, basé sur parcimonie maximale et les données d'échantillonnage actuelles, une population spécifique de chauves-souris est plus susceptible d'avoir directement transmis le SRAS-CoV-2 à l'homme qu'un pangolin, tandis qu'un ancêtre évolutif des chauves-souris était la source de coronavirus généraux.[88]

UNE métagénomique Une étude publiée en 2019 avait précédemment révélé que le SRAS-CoV, la souche du virus responsable du SRAS, était le coronavirus le plus répandu parmi un échantillon de Pangolins de la Sonde.[91] Le 7 Février 2020, Université agricole de Chine du Sud dans Guangzhou a annoncé que les chercheurs avaient découvert un échantillon de pangolin avec un coronavirus particulier - un seul acide nucléique la séquence du virus était "99% similaire" à celle d'un protéine-codage ARN du SRAS-CoV-2.[92] Les auteurs déclarent que «le domaine de liaison au récepteur du Protéine S [qui se lie au récepteur de surface cellulaire pendant l'infection] du Pangolin-CoV nouvellement découvert est pratiquement identique à celui du 2019-nCoV, avec un acide aminé différence."[93] Microbiologistes et généticiens en Texas ont indépendamment trouvé des preuves de réassortiment dans les coronavirus suggérant l'implication des pangolins dans l'origine du SRAS-CoV-2.[94] La majorité de l'ARN viral est liée à une variante des coronavirus de chauve-souris.[95] La protéine de pointe semble être une exception notable, cependant, peut-être acquise grâce à une recombinaison événement avec un coronavirus pangolin.[96] L'ensemble du motif de liaison au récepteur du SRAS-CoV-2 semble avoir été introduit par recombinaison à partir de coronavirus de pangolins.[97] Un tel événement de recombinaison a peut-être été une étape critique dans l’évolution de la capacité du SRAS-CoV-2 à infecter les humains.[97] Les événements de recombinaison ont été des étapes clés dans le processus d'évolution virale qui a conduit à l'émergence de nouvelles maladies humaines.[98] Analyse structurale du domaine de liaison au récepteur (RBD) et humain enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) complexe[99] a révélé des mutations clés sur le RBD, telles que F486 et N501, qui forment des contacts avec ACE2.[100] Ces résidus se trouvent dans le coronavirus du pangolin.[100]

Les pangolins sont protégés par la loi chinoise, mais leur braconnage et commerce Pour utilisation dans Médecine Chinoise Traditionnelle reste commun dans le marché noir.[101][102] La déforestation, l'élevage d'animaux sauvages et le commerce dans des conditions insalubres augmentent le risque de nouvelles maladies zoonotiques.[103][104][105][106]

Toutes les preuves disponibles suggèrent que le SRAS-CoV-2 est d'origine animale naturelle et n'est pas génétiquement modifié.[107] Néanmoins, l'origine biologique du SRAS-CoV-2 ne peut être exclue.[108] Selon simulations informatiques sur repliement des protéines, la RBD de la protéine de pointe de SARS-CoV-2 devrait avoir une affinité de liaison sans particularité. En réalité, cependant, il a une liaison très efficace au récepteur ACE2 humain. Pour exposer le RBD pour la fusion, furine protéases doit d'abord cliver la protéine S. Les furines protéases sont abondantes dans les voies respiratoires et les cellules épithéliales pulmonaires. De plus, le squelette du virus ne ressemble à aucun autre décrit précédemment dans la littérature scientifique utilisée pour la modification génétique. La possibilité que le virus ait pu gagner le nécessaire adaptations par culture de cellules dans un laboratoire est contestée par les scientifiques qui affirment que «la génération de la prédiction Glycanes O-liés... suggèrent l'implication d'un système immunitaire."[109][9]

Phylogénétique et taxonomie

Information génomique
Génome du SRAS-CoV-2.svg
Génomique organisation de l'isolat Wuhan-Hu-1, le premier échantillon séquencé de SRAS-CoV-2
NCBI identifiant du génome86693
Taille du génome29,903 bases
Année d'achèvement2020
Navigateur génomique (UCSC)

SARS-CoV-2 appartient à la grande famille des virus connus sous le nom de coronavirus.[33] C'est un ARN simple brin de sens positif (+ ssRNA), avec un seul segment d'ARN linéaire. D'autres coronavirus sont capables de provoquer des maladies allant du rhume à des maladies plus graves telles que Syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS, taux de mortalité ~ 34%). C'est le septième coronavirus connu à infecter les gens, après 229E, NL63, OC43, HKU1, MERS-CoV, et l'original SRAS-CoV.[110]

Comme la souche de coronavirus liée au SRAS impliquée dans l'épidémie de SRAS de 2003, SARS-CoV-2 fait partie du sous-genre Sarbécovirus (bêta-CoV lignée B).[111][112] Sa séquence d'ARN est d'environ 30000 les bases en longueur.[15] Le SRAS-CoV-2 est unique parmi les bêtacoronavirus connus dans son incorporation d'un site de clivage polybasique, une caractéristique connue pour augmenter pathogénicité et la transmissibilité dans d'autres virus.[9][113][114]

Avec un nombre suffisant de séquences génomes, il est possible de reconstruire un arbre phylogénétique de l'histoire de mutation d'une famille de virus. Au 12 janvier 2020, cinq génomes du SRAS-CoV-2 avaient été isolés de Wuhan et signalés par le Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies (CCDC) et d'autres institutions;[15][115] le nombre de génomes est passé à 42 au 30 janvier 2020.[116] Une analyse phylogénétique de ces échantillons a montré qu'ils étaient "fortement liés avec au plus sept mutations par rapport à un ancêtre commun", ce qui laisse entendre que la première infection humaine s'est produite en novembre ou décembre 2019.[116] Au 7 mai 2020, 4 690 génomes du SRAS-CoV-2 échantillonnés sur six continents étaient accessibles au public.[117]

Le 11 février 2020, le Comité international sur la taxonomie des virus a annoncé que, selon les règles existantes qui calculent les relations hiérarchiques entre les coronavirus sur la base de cinq séquences conservées d'acides nucléiques, les différences entre ce qu'on appelait alors le 2019-nCoV et la souche virale de l'épidémie de SRAS de 2003 étaient insuffisantes pour les séparer espèces virales. Par conséquent, ils ont identifié 2019-nCoV comme un souche de Coronavirus lié au syndrome respiratoire aigu sévère.[2]

En juillet 2020, les scientifiques ont rapporté qu'une variante plus infectieuse du SRAS-CoV-2 avec protéine de pointe la variante G614 a remplacé le D614 comme forme dominante de la pandémie.[118][119] En octobre 2020, des scientifiques ont rapporté dans un préimpression qu'une variante, 20A.EU1, a été observée pour la première fois en Espagne au début de l'été et est devenue la variante la plus fréquente dans plusieurs pays européens. Ils illustrent également l'émergence et la diffusion d'autres grappes fréquentes de séquences utilisant Nextstrain.[120][121]

En octobre 2020, les chercheurs ont découvert un possible gène qui se chevauchent nommé ORF3d, dans le virus Covid-19 génome. On ne sait pas si la protéine produite par ORF3d a une fonction quelconque, mais il provoque une forte réponse immunitaire. ORF3d a été identifié auparavant, dans une variante du coronavirus qui infecte pangolins.[122][123]

Biologie structurale

Figure d'un virion sphérique SARSr-CoV montrant les emplacements des protéines structurales formant l'enveloppe virale et la nucléocapside interne
Structure d'un SARSr-CoV virion

Chaque SARS-CoV-2 virion est compris entre 50 et 200 nanomètres en diamètre.[76] Comme les autres coronavirus, le SRAS-CoV-2 possède quatre protéines structurelles, connues sous le nom de S (pic), E (enveloppe), M (membrane), et n (nucléocapside) protéines; la protéine N contient le génome de l'ARN et les protéines S, E et M créent ensemble le enveloppe virale.[124] La protéine de pointe, qui a été imagée au niveau atomique en utilisant microscopie électronique cryogénique,[125][126] est la protéine responsable de permettre au virus de se fixer et de fusionner avec le membrane d'une cellule hôte;[124] spécifiquement, sa sous-unité S1 catalyse l'attachement, la fusion de la sous-unité S2.[127]

Homotrimère de pointe SARS-CoV-2 se concentrant sur une sous-unité protéique avec un domaine de liaison ACE2 mis en évidence
Pic de SRAS-CoV-2 homotrimère avec un sous-unité protéique Souligné. L'ACE2 domaine de liaison est magenta.

Modélisation des protéines des expériences sur la protéine de pointe du virus ont rapidement suggéré que le SRAS-CoV-2 avait une affinité suffisante pour le récepteur enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) sur les cellules humaines pour les utiliser comme mécanisme de entrée de cellule.[128] Avant le 22 janvier 2020, un groupe en Chine travaillant avec le génome complet du virus et un groupe aux États-Unis utilisant génétique inverse méthodes indépendantes et expérimentales ont démontré que l'ACE2 pouvait agir en tant que récepteur du SRAS-CoV-2.[18][129][29][130] Des études ont montré que le SRAS-CoV-2 a une affinité plus élevée pour l'ACE2 humaine que la souche originale du virus du SRAS.[125][131] SARS-CoV-2 peut également utiliser basigin pour aider à l'entrée dans la cellule.[132]

Amorçage initial des protéines de pointe par protéase transmembranaire, sérine 2 (TMPRSS2) est essentiel pour l'entrée du SARS-CoV-2.[30] Une fois qu'un virion du SRAS-CoV-2 s'est attaché à une cellule cible, la cellule protéase TMPRSS2 coupe la protéine de pointe du virus, exposant un peptide de fusion dans la sous-unité S2, et le récepteur hôte ACE2.[127] Après la fusion, un endosome se forme autour du virion, le séparant du reste de la cellule hôte. Le virion s'échappe lorsque le pH des gouttes d'endosome ou lorsque cathepsine, un hôte cystéine protéase, le clive.[127] Le virion libère ensuite de l'ARN dans la cellule et force la cellule à produire et à diffuser copies du virus, qui infectent plus de cellules.[133]

SARS-CoV-2 produit au moins trois facteurs de virulence qui favorisent l'excrétion de nouveaux virions des cellules hôtes et inhibent réponse immunitaire.[124] Qu'ils incluent régulation à la baisse d'ACE2, comme on le voit dans des coronavirus similaires, reste sous enquête (en mai 2020).[89]

SRAS-CoV-2 émergeant d'une cellule humaine
Virions du SRAS-CoV-2 émergeant d'une cellule humaine
Coloré numériquement micrographies électroniques à balayage du SRAS-CoV-2 virions (jaune) émergeant de cellules humaines cultivé dans un laboratoire

Épidémiologie

Micrographie de particules de virus SRAS-CoV-2 isolées d'un patient
Micrographie électronique à transmission des virions du SRAS-CoV-2 (rouge) isolés d'un patient pendant la Pandémie de covid-19

Sur la base de la faible variabilité observée parmi les SRAS-CoV-2 connus génomique séquences, la souche aurait été détectée par les autorités sanitaires dans les semaines suivant son émergence dans la population humaine à la fin de 2019.[23][134] Le premier cas d'infection actuellement connu remonte au 17 novembre 2019 ou éventuellement au 1er décembre 2019.[135] Le virus s'est ensuite propagé à toutes les provinces de Chine et à plus de 150 autres pays d'Asie, d'Europe, d'Amérique du Nord, d'Amérique du Sud, d'Afrique et d'Océanie.[136] La transmission interhumaine du virus a été confirmée dans toutes ces régions.[137] Le 30 janvier 2020, SARS-CoV-2 a été désigné Urgence de santé publique de portée internationale par l'OMS,[138][12] et le 11 mars 2020, l'OMS l'a déclaré un pandémie.[13][139]

Le numéro de reproduction de base () du virus a été estimé à environ 5,7.[26] Cela signifie que chaque infection par le virus devrait entraîner 5,7 nouvelles infections lorsqu'aucun membre de la communauté n'est immunitaire et non mesures préventives sont pris. Le nombre de reproduction peut être plus élevé dans des conditions densément peuplées telles que celles trouvées sur bateaux de croisière.[140] De nombreuses formes de efforts de prévention peut être utilisé dans des circonstances spécifiques pour réduire la propagation du virus.[141]

Il y a eu environ 82 000 cas confirmés d'infection en Chine continentale.[136] Alors que la proportion d'infections qui entraînent cas confirmés ou la progression vers une maladie pouvant être diagnostiquée reste incertaine,[142] un modèle mathématique a estimé que 75815 personnes ont été infectées le 25 janvier 2020 rien qu'à Wuhan, à un moment où le nombre de cas confirmés dans le monde n'était que de 2015.[143] Avant le 24 février 2020, plus de 95% de tous les décès dus COVID-19 [feminine dans le monde entier Province du Hubei, où se trouve Wuhan.[144][145] Au 6 décembre 2020, le pourcentage était tombé à 0.21%.[136]

Au 6 décembre 2020, il y avait au total 66 608 379 cas confirmés d'infection par le SRAS-CoV-2 dans la pandémie en cours.[136] Le nombre total de décès attribués au virus est de 1 530 296.[136] De nombreuses guérisons d'infections confirmées ne sont pas signalées, mais au moins 42 866 555 personnes se sont rétablies d'infections confirmées.[136]

Voir également

  • Groupe 5, une variante mutée du virus SARS-CoV-2

Les références

  1. ^ une b c e Giaimo C (1er avril 2020). "La tache épineuse vue dans le monde". Le New York Times. Archivé à partir de l'original le 2 avril 2020. Récupéré 6 avril 2020.
  2. ^ une b c Gorbalenya AE, Baker SC, Baric RS, de Groot RJ, Drosten C, Gulyaeva AA, et al. (Mars 2020). "L'espèce Coronavirus lié au syndrome respiratoire aigu sévère: classer le 2019-nCoV et le nommer SARS-CoV-2". Microbiologie de la nature. 5 (4): 536–544. est ce que je:10.1038 / s41564-020-0695-z. PMC 7095448. PMID 32123347.
  3. ^ "Maladie à coronavirus nommée Covid-19". BBC News en ligne. 11 février 2020. Archivé à partir de l'original le 15 février 2020. Récupéré 15 février 2020.
  4. ^ Définitions de cas de surveillance pour l'infection humaine par le nouveau coronavirus (nCoV): guide provisoire v1, janvier 2020 (rapport). Organisation mondiale de la santé. Janvier 2020. hdl:10665/330376. WHO / 2019-nCoV / Surveillance / v2020.1.
  5. ^ une b "Professionnels de la santé: questions et réponses fréquemment posées". États-Unis Centres pour le Contrôle et la Prévention des catastrophes (CDC). 11 février 2020. Archivé à partir de l'original le 14 février 2020. Récupéré 15 février 2020.
  6. ^ «À propos du nouveau coronavirus (2019-nCoV)». États-Unis Centres pour le Contrôle et la Prévention des catastrophes (CDC). 11 février 2020. Archivé à partir de l'original le 11 février 2020. Récupéré 25 février 2020.
  7. ^ Harmon A (4 mars 2020). "Nous avons parlé à six Américains atteints de coronavirus". Le New York Times. Archivé à partir de l'original le 13 mars 2020. Récupéré 16 mars 2020.
  8. ^ une b Wong, G .; Bi, Y. H .; Wang, Q. H .; Chen, X. W .; Zhang, Z. G .; Yao, Y. G. (2020). "Origines zoonotiques du coronavirus humain 2019 (HCoV-19 / SARS-CoV-2): pourquoi ce travail est-il important?". Recherche zoologique. 41 (3): 213–219. est ce que je:10.24272 / j.issn.2095-8137.2020.031. PMC 7231470. PMID 32314559.
  9. ^ une b c e F g Andersen KG, Rambaut A, Lipkin WI, Holmes EC, Garry RF (17 mars 2020). "Correspondance: l'origine proximale du SRAS-CoV-2". Médecine de la nature. 26 (4): 450–452. est ce que je:10.1038 / s41591-020-0820-9. PMC 7095063. PMID 32284615.
  10. ^ une b c van Doremalen N, Bushmaker T, Morris DH, Holbrook MG, Gamble A, Williamson BN, et al. (17 mars 2020). "Correspondance: Aérosol et stabilité de surface du SARS-CoV-2 par rapport au SARS-CoV-1". Le New England Journal of Medicine. 382 (16): 1564–1567. est ce que je:10.1056 / NEJMc2004973. PMC 7121658. PMID 32182409.
  11. ^ "Base de données hCoV-19". China National GeneBank. Archivé à partir de l'original le 17 juin 2020. Récupéré 2 juin 2020.
  12. ^ une b "Déclaration sur la deuxième réunion du Comité d'urgence du Règlement sanitaire international (2005) concernant l'épidémie de nouveau coronavirus (2019-nCoV)". Organisation mondiale de la santé (QUI) (Communiqué de presse). 30 janvier 2020. Archivé à partir de l'original le 31 janvier 2020. Récupéré 30 janvier 2020.
  13. ^ une b "Allocution d'ouverture du Directeur général de l'OMS lors de la conférence de presse sur le COVID-19 - 11 mars 2020". Organisation mondiale de la santé (QUI) (Communiqué de presse). 11 mars 2020. Archivé à partir de l'original le 11 mars 2020. Récupéré 12 mars 2020.
  14. ^ Baltimore, D (1971). "Expression des génomes de virus animaux". Examens bactériologiques. 35 (3): 235–241. est ce que je:10.1128 / MMBR.35.3.235-241.1971. PMC 378387. PMID 4329869.
  15. ^ une b c "CoV2020". GISAID EpifluDB. Archivé à partir de l'original le 12 janvier 2020. Récupéré 12 janvier 2020.
  16. ^ une b Chan JF, Yuan S, Kok KH, To KK, Chu H, Yang J, et al. (Février 2020). "Un cluster familial de pneumonie associé au nouveau coronavirus 2019 indiquant une transmission de personne à personne: une étude d'un cluster familial". The Lancet. 395 (10223): 514–523. est ce que je:10.1016 / S0140-6736 (20) 30154-9. PMC 7159286. PMID 31986261.
  17. ^ "Nouveau coronavirus stable pendant des heures sur les surfaces". Instituts nationaux de la santé (NIH). NIH.gov. 17 mars 2020. Archivé à partir de l'original le 23 mars 2020. Récupéré 4 mai 2020.
  18. ^ une b c e Zhou P, Yang XL, Wang XG, Hu B, Zhang L, Zhang W, et al. (Février 2020). "Une épidémie de pneumonie associée à un nouveau coronavirus d'origine probable de chauve-souris". La nature. 579 (7798): 270–273. Bibcode:2020Natur.579..270Z. est ce que je:10.1038 / s41586-020-2012-7. PMC 7095418. PMID 32015507.
  19. ^ Perlman S (février 2020). "Une autre décennie, un autre coronavirus". Le New England Journal of Medicine. 382 (8): 760–762. est ce que je:10.1056 / NEJMe2001126. PMC 7121143. PMID 31978944.
  20. ^ une b Benvenuto D, Giovanetti M, Ciccozzi A, Spoto S, Angeletti S, Ciccozzi M (avril 2020). "L'épidémie de nouveau coronavirus en 2019: preuves de l'évolution du virus". Journal de virologie médicale. 92 (4): 455–459. est ce que je:10.1002 / jmv.25688. PMC 7166400. PMID 31994738.
  21. ^ une b Nouveau coronavirus (2019-nCoV): rapport de situation, 22 (Rapport). Organisation mondiale de la santé. 11 février 2020. hdl:10665/330991.
  22. ^ Shield C (7 février 2020). "Coronavirus: des chauves-souris aux pangolins, comment les virus nous atteignent-ils?". Deutsche Welle. Archivé de l'original le 4 juin 2020. Récupéré 13 mars 2020.
  23. ^ une b c Cohen J (janvier 2020). "Le marché des fruits de mer de Wuhan peut ne pas être une source de propagation de nouveaux virus dans le monde". Science. est ce que je:10.1126 / science.abb0611.
  24. ^ Caspermeyer, Joseph (7 novembre 2020). "Patient Zéro COVID-19: L'analyse des données identifie la" mère "de tous les génomes du SRAS-CoV-2". SciTechDaily. Archivé à partir de l'original le 17 novembre 2020. Récupéré 7 novembre 2020.
  25. ^ Kumar, Sudhir (29 septembre 2020). "Un portrait évolutif du progéniteur SRAS-CoV-2 et de ses ramifications dominantes dans la pandémie de COVID-19". bioRxiv. est ce que je:10.1101/2020.09.24.311845. PMC 7523107. PMID 32995781. Archivé à partir de l'original le 17 novembre 2020. Récupéré 7 novembre 2020.
  26. ^ une b Sanche, S.; Lin, Y. T .; Xu, C .; Romero-Severson, E .; Hengartner, E .; Ke, R. (juillet 2020). "Contagiosité élevée et propagation rapide du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère". Maladies infectieuses émergentes. 26 (7): 1470–1477. est ce que je:10.3201 / eid2607.200282. PMC 7323562. PMID 32255761.
  27. ^ "Questions et réponses sur les coronavirus (COVID-19)". Organisation mondiale de la santé (QUI). 11 février 2020. Archivé à partir de l'original le 20 janvier 2020. Récupéré 24 février 2020.
  28. ^ une b "Comment COVID-19 se propage". NOUS. Centres pour le Contrôle et la Prévention des catastrophes (CDC). 27 janvier 2020. Archivé à partir de l'original le 28 janvier 2020. Récupéré 29 janvier 2020.
  29. ^ une b Letko M, Marzi A, Munster V (février 2020). "Évaluation fonctionnelle de l'entrée cellulaire et de l'utilisation des récepteurs pour le SRAS-CoV-2 et d'autres bêtacoronavirus de la lignée B". Microbiologie de la nature. 5 (4): 562–569. est ce que je:10.1038 / s41564-020-0688-y. PMC 7095430. PMID 32094589.
  30. ^ une b Hoffman M, Kliene-Weber H, Krüger N, Herrler T, Erichsen S, Schiergens TS, et al. (16 avril 2020). "L'entrée des cellules du SRAS-CoV-2 dépend de l'ACE2 et du TMPRSS2 et est bloquée par un inhibiteur de protéase cliniquement prouvé". Cellule. 181 (2): 271-280.e8. est ce que je:10.1016 / j.cell.2020.02.052. PMC 7102627. PMID 32142651.
  31. ^ Wu, Katherine J. (15 avril 2020). "Il y a plus de virus que d'étoiles dans l'univers. Pourquoi seulement certains nous infectent-ils? - Il existe plus d'un quadrillion de quadrillions de virus individuels sur Terre, mais la plupart ne sont pas prêts à sauter dans les humains. Pouvons-nous trouver ceux qui le sont?". National Geographic Society. Archivé à partir de l'original le 23 avril 2020. Récupéré 18 mai 2020.
  32. ^ Huang P (22 janvier 2020). "Comment le coronavirus de Wuhan se compare-t-il au MERS, au SRAS et au rhume?". Radio Nationale Publique. Archivé à partir de l'original le 2 février 2020. Récupéré 3 février 2020.
  33. ^ une b Fox D (24 janvier 2020). "Ce que vous devez savoir sur le coronavirus de Wuhan". La nature. est ce que je:10.1038 / d41586-020-00209-y.
  34. ^ Organisation mondiale de la santé (30 janvier 2020). Nouveau coronavirus (2019-nCoV): rapport de situation, 10 (Rapport). Organisation mondiale de la santé. hdl:10665/330775.
  35. ^ "Meilleures pratiques de l'Organisation mondiale de la Santé pour la dénomination des nouvelles maladies infectieuses humaines" (PDF). QUI. Mai 2015. Archivé (PDF) à partir de l'original le 12 février 2020.
  36. ^ "Nouveau coronavirus nommé 'Covid-19': OMS". AUJOURD'HUI en ligne. Archivé à partir de l'original le 21 mars 2020. Récupéré 11 février 2020.
  37. ^ "Le coronavirus propage le racisme contre - et parmi - les Chinois de souche". L'économiste. 17 février 2020. Archivé à partir de l'original le 17 février 2020. Récupéré 17 février 2020.
  38. ^ Hui M (18 mars 2020). "Pourquoi l'OMS n'appelle-t-elle pas le coronavirus par son nom, SRAS-CoV-2?". Quartz. Archivé à partir de l'original le 25 mars 2020. Récupéré 26 mars 2020.
  39. ^ "Nommer la maladie à coronavirus (COVID-2019) et le virus qui la cause". Organisation mondiale de la santé. Archivé à partir de l'original le 28 février 2020. Récupéré 24 février 2020. Du point de vue de la communication des risques, l'utilisation du nom SRAS peut avoir des conséquences involontaires en créant une peur inutile pour certaines populations. ... Pour cette raison et pour d'autres, l'OMS a commencé à désigner le virus comme «le virus responsable du COVID-19» ou «le virus COVID-19» dans ses communications avec le public. Aucune de ces désignations n'est [sic] destinée à remplacer le nom officiel du virus tel que convenu par l'ICTV.
  40. ^ Gstalter, Morgan (19 mars 2020). «Un responsable de l’OMS met en garde contre l’appellation de« virus chinois », déclare qu'". La colline. Archivé à partir de l'original le 18 avril 2020. Récupéré 21 mars 2020.
  41. ^ Shinkman, Paul (17 mars 2020). "Trump riposte aux plaintes selon lesquelles il stigmatise la Chine pour le coronavirus". Nouvelles des États-Unis. Archivé à partir de l'original le 29 mars 2020. Récupéré 21 mars 2020.
  42. ^ Will Steakin (20 juin 2020). "Trump se rend à Tulsa pour un rassemblement de retour au milieu d'une pandémie, malgré les avertissements croissants des experts de la santé". Archivé à partir de l'original le 20 juin 2020. Récupéré 20 juin 2020.
  43. ^ Li J, You Z, Wang Q, Zhou Z, Qiu Y, Luo R, et al. (Mars 2020). "L'épidémie de pneumonie à nouveau coronavirus 2019 (2019-nCoV) et perspectives pour les maladies infectieuses émergentes à l'avenir". Microbes et infection. 22 (2): 80–85. est ce que je:10.1016 / j.micinf.2020.02.002. PMC 7079563. PMID 32087334. Archivé à partir de l'original le 14 avril 2020. Récupéré 19 avril 2020.
  44. ^ Kessler, Glenn (17 avril 2020). "La fausse affirmation de Trump selon laquelle l'OMS a déclaré que le coronavirus n'était 'pas transmissible'". Le Washington Post. Archivé de l'original le 17 avril 2020. Récupéré 17 avril 2020.
  45. ^ Kuo, Lily (21 janvier 2020). "La Chine confirme la transmission interhumaine du coronavirus". Le gardien. Archivé à partir de l'original le 22 mars 2020. Récupéré 18 avril 2020.
  46. ^ Edwards E (25 janvier 2020). "Comment le coronavirus se propage-t-il?". Nouvelles NBC. Archivé à partir de l'original le 28 janvier 2020. Récupéré 13 mars 2020.
  47. ^ Anfinrud P, Stadnytskyi V, Bax CE, Bax A (mai 2020). "Visualisation des gouttelettes de liquide oral générées par la parole avec diffusion de la lumière laser". Le New England Journal of Medicine. 382 (21): 2061–2063. est ce que je:10.1056 / NEJMc2007800. PMC 7179962. PMID 32294341.
  48. ^ Stadnytskyi V, Bax CE, Bax A, Anfinrud P (juin 2020). "La durée de vie en vol des petites gouttelettes de parole et leur importance potentielle dans la transmission du SRAS-CoV-2". Actes de l'Académie nationale des sciences des États-Unis d'Amérique. 117 (22): 11875–11877. est ce que je:10.1073 / pnas.2006874117. PMC 7275719. PMID 32404416.
  49. ^ Mandavilli, Apoorva]] (4 juillet 2020). "239 experts avec une seule grande affirmation: le coronavirus est aéroporté - Le W.H.O. a résisté aux preuves croissantes que les particules virales flottant à l'intérieur sont infectieuses, disent certains scientifiques. L'agence maintient que la recherche n'est toujours pas concluante". Le New York Times. Archivé à partir de l'original le 17 novembre 2020. Récupéré 5 juillet 2020.
  50. ^ Zeynep Tufekci (30 juillet 2020). «Nous devons parler de ventilation». L'Atlantique. Archivé à partir de l'original le 17 novembre 2020. Récupéré 8 septembre 2020.
  51. ^ Lewis, Dyani (juillet 2020). "De plus en plus de preuves suggèrent que le coronavirus est en suspension dans l'air - mais les conseils de santé ne l'ont pas rattrapé". La nature. 583 (7817): 510–513. Bibcode:2020Natur.583..510L. est ce que je:10.1038 / d41586-020-02058-1. PMID 32647382. S2CID 220470431. Archivé à partir de l'original le 14 septembre 2020. Récupéré 9 octobre 2020.
  52. ^ Popa, Alexandra; et coll. (23 novembre 2020). "L'épidémiologie génomique des événements de grande diffusion en Autriche révèle la dynamique mutationnelle et les propriétés de transmission du SRAS-CoV-2". Médecine translationnelle scientifique. est ce que je:10.1126 / scitranslmed.abe2555. Récupéré 1 décembre 2020.
  53. ^ Prentiss, Mara; et coll. (23 octobre 2020). "Super-étalement des événements sans super-étaleurs: utilisation d’événements à taux d’attaque élevé pour estimer le nombre d’événements pour la transmission aéroportée du COVID-19". medRxiv. est ce que je:10.1101/2020.10.21.20216895. Récupéré 1 décembre 2020.
  54. ^ "Préparer votre lieu de travail pour COVID-19" (PDF). Organisation mondiale de la santé. 27 février 2020. Archivé (PDF) à partir de l'original le 2 mars 2020. Récupéré 3 mars 2020.
  55. ^ Yong E (20 mars 2020). "Pourquoi le coronavirus a été si efficace". L'Atlantique. Archivé à partir de l'original le 20 mars 2020. Récupéré 20 mars 2020.
  56. ^ Gibbens S (18 mars 2020). "Pourquoi le savon est préférable à l'eau de Javel dans la lutte contre le coronavirus". National Geographic. Archivé à partir de l'original le 2 avril 2020. Récupéré 2 avril 2020.
  57. ^ Holshue ML, DeBolt C, Lindquist S, Lofy KH, Wiesman J, Bruce H, et al. (Mars 2020). «Premier cas du nouveau coronavirus 2019 aux États-Unis». Le New England Journal of Medicine. 382 (10): 929–936. est ce que je:10.1056 / NEJMoa2001191. PMC 7092802. PMID 32004427.
  58. ^ Li D, Jin M, Bao P, Zhao W, Zhang S (7 mai 2020). "Caractéristiques cliniques et résultats des tests de sperme chez les hommes atteints de la maladie à coronavirus 2019". Réseau JAMA ouvert. 3 (5): e208292. est ce que je:10.1001 / jamanetworkopen.2020.8292. PMC 7206502. PMID 32379329.
  59. ^ Wölfel R, Corman VM, Guggemos W, Seilmaier M, Zange S, Müller MA, et al. (Avril 2020). «Évaluation virologique des patients hospitalisés atteints de COVID-2019». La nature. 581 (7809): 465–469. Bibcode:2020Natur.581..465W. est ce que je:10.1038 / s41586-020-2196-x. PMID 32235945.
  60. ^ Kupferschmidt K (février 2020). "L'étude affirmant que le nouveau coronavirus peut être transmis par des personnes sans symptômes était imparfaite". Science. est ce que je:10.1126 / science.abb1524.
  61. ^ To KK, Tsang OT, Leung W, Tam AR, Wu T, Lung DC, et al. (Mars 2020). "Profils temporels de la charge virale dans les échantillons de salive oropharyngée postérieure et réponses des anticorps sériques lors de l'infection par le SRAS-CoV-2: une étude de cohorte observationnelle". Maladies infectieuses The Lancet. 20 (5): 565–574. est ce que je:10.1016 / S1473-3099 (20) 30196-1. PMC 7158907. PMID 32213337. Archivé à partir de l'original le 17 avril 2020. Récupéré 21 avril 2020.
  62. ^ Organisation mondiale de la santé (1er février 2020). Nouveau coronavirus (2019-nCoV): rapport de situation, 12 (Rapport). Organisation mondiale de la santé. hdl:10665/330777.
  63. ^ Li R, Pei S, Chen B, Song Y, Zhang T, Yang W, et al. (16 mars 2020). "Une infection non documentée importante facilite la dissémination rapide du nouveau coronavirus (SRAS-CoV2)". Science. 368 (6490): 489–493. Bibcode:2020Sci ... 368..489L. est ce que je:10.1126 / science.abb3221. PMC 7164387. PMID 32179701.
  64. ^ Le télégraphe du jour, Jeudi 28 mai 2020, page 2 colonne 1, qui renvoie au journal médical Thorax; Thorax Article de mai 2020 COVID-19: sur les traces d'Ernest Shackleton Archivé 30 mai 2020 au Machine de retour
  65. ^ He X, Lau EH, Wu P, Deng X, Wang J, Hao X et al. (15 avril 2020). "Dynamique temporelle dans l'excrétion virale et la transmissibilité du COVID-19". Médecine de la nature. 26 (5): 672–675. est ce que je:10.1038 / s41591-020-0869-5. PMID 32296168. Archivé à partir de l'original le 19 avril 2020. Récupéré 21 avril 2020.
  66. ^ une b Hou YJ, Okuda K, Edwards CE, Martinez DR, Asakura T, Dinnon KH, et al. (Juillet 2020). "La génétique inversée du SRAS-CoV-2 révèle un gradient d'infection variable dans les voies respiratoires". Cellule. 182 (2): 429–446.e14. est ce que je:10.1016 / j.cell.2020.05.042. PMC 7250779. PMID 32526206.
  67. ^ "Questions et réponses sur le COVID-19: OIE - Organisation mondiale de la santé animale". www.oie.int. Archivé à partir de l'original le 31 mars 2020. Récupéré 16 avril 2020.
  68. ^ Goldstein J (6 avril 2020). «Le tigre du zoo du Bronx est malade du coronavirus». Le New York Times. Archivé à partir de l'original le 9 avril 2020. Récupéré 10 avril 2020.
  69. ^ "Déclaration de l'USDA sur la confirmation du COVID-19 chez un tigre à New York". département de l'agriculture des Etats-Unis. 5 avril 2020. Archivé à partir de l'original le 15 avril 2020. Récupéré 16 avril 2020.
  70. ^ «Si vous avez des animaux - Maladie à coronavirus 2019 (COVID-19)». Centres pour le Contrôle et la Prévention des catastrophes (CDC). 13 avril 2020. Archivé à partir de l'original le 1 avril 2020. Récupéré 16 avril 2020.
  71. ^ une b Ledford, Heidi (4 septembre 2020). "Réinfections à coronavirus: trois questions que se posent les scientifiques". La nature. 585 (7824): 168–169. est ce que je:10.1038 / d41586-020-02506-y. PMID 32887957. S2CID 221501940. Archivé à partir de l'original le 17 novembre 2020. Récupéré 9 octobre 2020.
  72. ^ une b À, Kelvin Kai-Wang; Hung, Ivan Fan-Ngai; Ip, Jonathan Daniel; Chu, Allen Wing-Ho; Chan, Wan-Mui; Tam, Anthony Raymond; et coll. (25 août 2020). «Maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) Réinfection par une souche de coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère phylogénétiquement distincte confirmée par le séquençage du génome entier». Maladies infectieuses cliniques: ciaa1275. est ce que je:10.1093 / cid / ciaa1275. PMC 7499500. PMID 32840608. S2CID 221308584.
  73. ^ une b Tillett, Richard L; Sevinsky, Joel R; Hartley, Paul D; Kerwin, Heather; Crawford, Natalie; Gorzalski, Andrew; et coll. (Octobre 2020). "Preuve génomique de la réinfection par le SRAS-CoV-2: une étude de cas". Maladies infectieuses The Lancet: S1473309920307647. est ce que je:10.1016 / S1473-3099 (20) 30764-7. PMC 7550103. PMID 33058797.
  74. ^ Eschner K (28 janvier 2020). "Nous ne savons toujours pas d'où vient vraiment le coronavirus de Wuhan". Science populaire. Archivé à partir de l'original le 30 janvier 2020. Récupéré 30 janvier 2020.
  75. ^ Huang C, Wang Y, Li X, Ren L, Zhao J, Hu Y et al. (15 février 2020). "Caractéristiques cliniques des patients infectés par le nouveau coronavirus 2019 à Wuhan, Chine". The Lancet. 395 (10223): 497–506. est ce que je:10.1016 / S0140-6736 (20) 30183-5. PMC 7159299. PMID 31986264. Archivé à partir de l'original le 31 janvier 2020. Récupéré 26 mars 2020.
  76. ^ une b Chen N, Zhou M, Dong X, Qu J, Gong F, Han Y, et al. (15 février 2020). "Caractéristiques épidémiologiques et cliniques de 99 cas de pneumonie à nouveau coronavirus 2019 à Wuhan, Chine: une étude descriptive". The Lancet. 395 (10223): 507–513. est ce que je:10.1016 / S0140-6736 (20) 30211-7. PMC 7135076. PMID 32007143. Archivé à partir de l'original le 31 janvier 2020. Récupéré 9 mars 2020.
  77. ^ une b Cyranoski D (26 février 2020). "Le mystère s'approfondit sur la source animale du coronavirus". La nature. 579 (7797): 18–19. Bibcode:2020Natur.579 ... 18C. est ce que je:10.1038 / d41586-020-00548-w. PMID 32127703.
  78. ^ Yu WB, Tang GD, Zhang L, Corlett RT (21 février 2020). "Décodage de l'évolution et des transmissions du nouveau coronavirus de la pneumonie en utilisant l'ensemble des données génomiques". ChineXiv. est ce que je:10.12074/202002.00033 (inactif le 11 novembre 2020). Archivé à partir de l'original le 23 février 2020. Récupéré 25 février 2020.CS1 maint: DOI inactif à partir de novembre 2020 (lien)
  79. ^ Forster P, Forster L, Renfrew C, Forster M (8 avril 2020). "Analyse du réseau phylogénétique des génomes du SRAS-CoV-2" (PDF). PNAS. 117 (17): 9241–9243. est ce que je:10.1073 / pnas.2004999117. PMC 7196762. PMID 32269081. Archivé (PDF) à partir de l'original le 16 avril 2020. Récupéré 17 avril 2020.
  80. ^ "COVID-19: l'analyse du réseau génétique fournit un 'instantané' des origines de la pandémie". L'université de Cambridge. 9 avril 2020. Archivé à partir de l'original le 16 avril 2020. Récupéré 17 avril 2020.
  81. ^ "Isolat de coronavirus semblable au SRAS de chauve-souris chauve-souris-SL-CoVZC45, génome complet". Centre national d'information sur la biotechnologie (NCBI). 15 février 2020. Archivé de l'original le 4 juin 2020. Récupéré 15 février 2020.
  82. ^ "Isolat de coronavirus semblable au SRAS de chauve-souris chauve-souris-SL-CoVZXC21, génome complet". Centre national d'information sur la biotechnologie (NCBI). 15 février 2020. Archivé de l'original le 4 juin 2020. Récupéré 15 février 2020.
  83. ^ «Isolat RaTG13 de coronavirus de chauve-souris, génome complet». Centre national d'information sur la biotechnologie (NCBI). 10 février 2020. Archivé à partir de l'original le 15 mai 2020. Récupéré 5 mars 2020.
  84. ^ Rapport de la mission conjointe OMS-Chine sur la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) (PDF) (Signaler). Organisation mondiale de la santé (QUI). 24 février 2020. Archivé (PDF) à partir de l'original le 29 février 2020. Récupéré 5 mars 2020.
  85. ^ Lu R, Zhao X, Li J, Niu P, Yang B, Wu H et al. (Février 2020). "Caractérisation génomique et épidémiologie du nouveau coronavirus 2019: implications pour les origines du virus et la liaison aux récepteurs". The Lancet. 395 (10224): 565–574. est ce que je:10.1016 / S0140-6736 (20) 30251-8. PMC 7159086. PMID 32007145.
  86. ^ Wu D, Wu T, Liu Q, Yang Z (12 mars 2020). "L'épidémie de SRAS-CoV-2: ce que nous savons". Journal international des maladies infectieuses. 94: 44–48. est ce que je:10.1016 / j.ijid.2020.03.004. ISSN 1201-9712. PMC 7102543. PMID 32171952. Archivé à partir de l'original le 9 avril 2020. Récupéré 16 avril 2020.
  87. ^ Paraskevis D, Kostaki EG, Magiorkinis G, Panayiotakopoulos G, Sourvinos G, Tsiodras S (avril 2020). "L'analyse évolutive du génome complet du nouveau virus corona (2019-nCoV) rejette l'hypothèse d'émergence à la suite d'un récent événement de recombinaison". Infection, génétique et évolution. 79: 104212. est ce que je:10.1016 / j.meegid.2020.104212. PMC 7106301. PMID 32004758. Archivé à partir de l'original le 17 novembre 2020. Récupéré 9 avril 2020.
  88. ^ une b Zhang T, Wu Q, Zhang Z (19 mars 2020). "Origine probable du pangolin du SRAS-CoV-2 associée à l'épidémie de COVID-19". Biologie actuelle. 30 (7): 1346–1351.e2. est ce que je:10.1016 / j.cub.2020.03.022. PMC 7156161. PMID 32197085.
  89. ^ une b Beeching NJ, Fletcher TE, Fowler R (22 mai 2020). «Meilleures pratiques du BMJ: maladie à coronavirus 2019 (COVID-19)» (PDF). BMJ. Archivé (PDF) à partir de l'original le 13 juin 2020. Récupéré 25 mai 2020.
  90. ^ Ortiz-Prado E, Simbaña-Rivera K, Gómez-Barreno L, Rubio-Neira M, Guaman LP, Kyriakidis NC, et al. (Septembre 2020). "Caractérisation clinique, moléculaire et épidémiologique du virus SRAS-CoV-2 et de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), une revue complète de la littérature". Microbiologie diagnostique et maladies infectieuses. 98 (1): 115094. est ce que je:10.1016 / j.diagmicrobio.2020.115094. ISSN 0732-8893. PMC 7260568. PMID 32623267.
  91. ^ Liu P, Chen W, Chen JP (octobre 2019). "La métagénomique virale a révélé une infection par le virus Sendai et le coronavirus des pangolins malais (Manis javanica)". Les virus. 11 (11): 979. est ce que je:10.3390 / v11110979. PMC 6893680. PMID 31652964.
  92. ^ Cyranoski D (7 février 2020). "Les pangolins ont-ils propagé le coronavirus chinois aux gens?". La nature. est ce que je:10.1038 / d41586-020-00364-2. S2CID 212825975. Archivé à partir de l'original le 7 février 2020. Récupéré 12 février 2020.
  93. ^ Xiao K, Zhai J, Feng Y (février 2020). «Isolement et caractérisation du coronavirus de type 2019-nCoV des pangolins malais» (PDF). bioRxiv (pré-impression). est ce que je:10.1101/2020.02.17.951335. S2CID 213920763. Archivé (PDF) à partir de l'original le 22 avril 2020. Récupéré 5 mai 2020.
  94. ^ Wong MC, Cregeen SJ, Ajami NJ, Petrosino JF (février 2020). "Preuve de recombinaison dans les coronavirus impliquant les origines du pangolin du nCoV-2019" (PDF). bioRxiv (pré-impression). est ce que je:10.1101/2020.02.07.939207. PMC 7217297. PMID 32511310. Archivé (PDF) à partir de l'original le 22 avril 2020. Récupéré 5 mai 2020.
  95. ^ Stawicki SP, Jeanmonod R, Miller AC, Paladino L, Gaieski DF, Yaffee AQ, et al. (22 mai 2020). "La pandémie du nouveau coronavirus 2019-2020 (syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus 2): un document de consensus du groupe de travail multidisciplinaire COVID-19 du groupe de travail multidisciplinaire sur le COVID-19 du Collège américain universitaire de médecine internationale et du Conseil universitaire mondial de médecine d'urgence". Journal des maladies infectieuses mondiales. 12 (2): 47–93. est ce que je:10.4103 / jgid.jgid_86_20. ISSN 0974-777X. PMC 7384689. PMID 32773996.
  96. ^ Timmer, John (1er juin 2020). "Le SRAS-CoV-2 ressemble à un hybride de virus de deux espèces différentes". Ars Technica. Archivé à partir de l'original le 5 juin 2020. Récupéré 6 juin 2020.
  97. ^ une b Li X, Giorgi EE, Marichannegowda MH, Foley B, Xiao C, Kong X et al. (Juillet 2020). "Émergence du SRAS-CoV-2 par recombinaison et forte sélection purifiante". Progrès scientifiques. 6 (27): eabb9153. Bibcode:2020SciA .... 6B9153L. est ce que je:10.1126 / sciadv.abb9153. ISSN 2375-2548. PMC 7458444. PMID 32937441.
  98. ^ Rehman Su, Shafique L, Ihsan A, Liu Q (23 mars 2020). «Trajectoire évolutive de l'émergence du nouveau coronavirus SARS-CoV-2». Agents pathogènes. 9 (3): 240. est ce que je:10.3390 / agents pathogènes9030240. ISSN 2076-0817. PMC 7157669. PMID 32210130.
  99. ^ Yan, Renhong; Zhang, Yuanyuan; Li, Yaning; Xia, Lu; Guo, Yingying; Zhou, Qiang (27 mars 2020). "Base structurelle pour la reconnaissance du SRAS-CoV-2 par ACE2 humain de pleine longueur". Science. 367 (6485): 1444–1448. Bibcode:2020Sci ... 367.1444Y. est ce que je:10.1126 / science.abb2762. ISSN 1095-9203. PMC 7164635. PMID 32132184.
  100. ^ une b Ho, Mitchell (30 avril 2020). "Perspectives sur le développement d'anticorps neutralisants contre le SRAS-CoV-2". Thérapie par anticorps. 3 (2): 109–114. est ce que je:10.1093 / abt / tbaa009. PMC 7291920. PMID 32566896. S2CID 219476100. Archivé à partir de l'original le 14 juin 2020. Récupéré 14 juin 2020.
  101. ^ Kelly G (1er janvier 2015). "Pangolins: 13 faits sur l'animal le plus chassé au monde". Le télégraphe. Archivé à partir de l'original le 24 décembre 2019. Récupéré 9 mars 2020.
  102. ^ Gorman J (27 février 2020). "L'interdiction du commerce des espèces sauvages par la Chine est un grand pas, mais comporte des échappatoires, disent les écologistes". Le New York Times. Archivé à partir de l'original le 13 mars 2020. Récupéré 23 mars 2020.
  103. ^ Carrington, Damian (27 avril 2020). "Arrêtez la destruction de la nature ou souffrez de pandémies encore pires, disent les plus grands scientifiques du monde". Le gardien. ISSN 0261-3077. Archivé à partir de l'original le 15 mai 2020. Récupéré 31 mai 2020.
  104. ^ Pontes, Nadia (29 avril 2020). "Comment la déforestation peut conduire à davantage de maladies infectieuses". DW.COM. Archivé à partir de l'original le 5 mai 2020. Récupéré 31 mai 2020.
  105. ^ Cheng, Vincent C. C .; Lau, Susanna K. P .; Woo, Patrick C. Y .; Yuen, Kwok Yung (octobre 2007). "Coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère en tant qu'agent de l'infection émergente et réémergente". Examens en microbiologie clinique. 20 (4): 660–694. est ce que je:10.1128 / CMR.00023-07. ISSN 0893-8512. PMC 2176051. PMID 17934078.
  106. ^ «Échapper à« l'ère des pandémies »: les experts préviennent de pires crises à venir; offrent des options pour réduire les risques». EurekAlert!. 29 octobre 2020. Archivé à partir de l'original le 17 novembre 2020. Récupéré 30 octobre 2020.
  107. ^ "Origine du SRAS-CoV-2". www.who.int. Archivé à partir de l'original le 17 novembre 2020. Récupéré 14 octobre 2020.
  108. ^ Segreto, Rossana; Deigin, Yuri. "La structure génétique du SRAS-CoV-2 n'exclut pas une origine de laboratoire". BioEssays. n / A (n / a): 2000240. est ce que je:10.1002 / bies.202000240.
  109. ^ "L'épidémie de coronavirus COVID-19 a une origine naturelle, selon les scientifiques - L'analyse par Scripps Research des données de séquence génomique publique du SRAS-CoV-2 et des virus associés n'a révélé aucune preuve que le virus avait été fabriqué en laboratoire ou autrement modifié. EurekAlert!. Institut de recherche Scripps. 17 mars 2020. Archivé à partir de l'original le 3 avril 2020. Récupéré 15 avril 2020.
  110. ^ Zhu N, Zhang D, Wang W, Li X, Yang B, Song J, et al. (Février 2020). «Un nouveau coronavirus chez des patients atteints de pneumonie en Chine, 2019». Le New England Journal of Medicine. 382 (8): 727–733. est ce que je:10.1056 / NEJMoa2001017. PMC 7092803. PMID 31978945.
  111. ^ "Phylogénie des bétacoronavirus de type SRAS". nextstrain. Archivé à partir de l'original le 20 janvier 2020. Récupéré 18 janvier 2020.
  112. ^ Wong AC, Li X, Lau SK, Woo PC (février 2019). «Épidémiologie mondiale des coronavirus des chauves-souris». Les virus. 11 (2): 174. est ce que je:10.3390 / v11020174. PMC 6409556. PMID 30791586.
  113. ^ Murs AC, Park YJ, Tortorici MA, Wall A, McGuire AT, Veesler D (9 mars 2020). "Structure, fonction et antigénicité de la glycoprotéine de pointe du SRAS-CoV-2". Cellule. 181 (2): 281–292.e6. est ce que je:10.1016 / j.cell.2020.02.058. PMC 7102599. PMID 32155444.
  114. ^ Coutard B, Valle C, de Lamballerie X, Canard B, Seidah NG, Decroly E (février 2020). "La glycoprotéine de pointe du nouveau coronavirus 2019-nCoV contient un site de clivage de type furine absent dans le CoV du même clade". Recherche antivirale. 176: 104742. est ce que je:10.1016 / j.antiviral.2020.104742. PMC 7114094. PMID 32057769.
  115. ^ "Libération initiale du génome du nouveau coronavirus". Virologique. 11 janvier 2020. Archivé à partir de l'original le 12 janvier 2020. Récupéré 12 janvier 2020.
  116. ^ une b Bedford T, Neher R, Hadfield N, Hodcroft E, Ilcisin M, Müller N. "Analyse génomique de la propagation du nCoV: rapport de situation 2020-01-30". nextstrain.org. Archivé à partir de l'original le 15 mars 2020. Récupéré 18 mars 2020.
  117. ^ "Épidémiologie génomique du nouveau coronavirus - sous-échantillonnage mondial". Nextstrain. Archivé à partir de l'original le 20 avril 2020. Récupéré 7 mai 2020.
  118. ^ "Une nouvelle souche plus infectieuse de COVID-19 domine désormais les cas mondiaux de virus: étude". medicalxpress.com. Archivé à partir de l'original le 17 novembre 2020. Récupéré 16 août 2020.
  119. ^ Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, Yoon H, Theiler J, Abfalterer W, et al. (2 juillet 2020). "Suivi des changements dans le pic de SRAS-CoV-2: preuve que le D614G augmente l'infectivité du virus COVID-19". Cellule. 182 (4): 812–827.e19. est ce que je:10.1016 / j.cell.2020.06.043. ISSN 0092-8674. PMC 7332439. PMID 32697968.
  120. ^ Meredith, Sam (29 octobre 2020). "Une nouvelle variante de coronavirus se propage à travers l'Europe, selon une étude". CNBC. Récupéré 10 novembre 2020.
  121. ^ Hodcroft, Emma B.; Zuber, Moira; Nadeau, Sarah; Comas, Iñaki; Candelas, Fernando González; Consortium, SeqCOVID-ESPAGNE; Stadler, Tanja; Neher, Richard A. (28 octobre 2020). "Émergence et propagation d'une variante du SRAS-CoV-2 à travers l'Europe à l'été 2020". medRxiv. pp.2020.10.25.20219063. est ce que je:10.1101/2020.10.25.20219063. Récupéré 10 novembre 2020.
  122. ^ Dockrill, Peter (11 novembre 2020). "Les scientifiques viennent de trouver un" gène mystérieusement caché dans un gène "dans le SRAS-CoV-2". ScienceAlerte. Archivé à partir de l'original le 17 novembre 2020. Récupéré 11 novembre 2020.
  123. ^ Nelson, Chase W; et coll. (1er octobre 2020). "Nouveau gène chevauchante en évolution dynamique en tant que facteur de la pandémie de SRAS-CoV-2". eLife. 9. est ce que je:10.7554 / eLife.59633. PMC 7655111. PMID 33001029. Archivé à partir de l'original le 17 novembre 2020. Récupéré 11 novembre 2020.
  124. ^ une b c Wu C, Liu Y, Yang Y, Zhang P, Zhong W, Wang Y et al. (Février 2020). "Analyse des cibles thérapeutiques du SRAS-CoV-2 et découverte de médicaments potentiels par des méthodes informatiques". Acta Pharmaceutica Sinica B. 10 (5): 766–788. est ce que je:10.1016 / j.apsb.2020.02.008. PMC 7102550. PMID 32292689.
  125. ^ une b Wrapp D, Wang N, Corbett KS, Goldsmith JA, Hsieh CL, Abiona O, et al. (Février 2020). "Structure Cryo-EM du pic 2019-nCoV dans la conformation de préfusion". Science. 367 (6483): 1260–1263. Bibcode:2020Sci ... 367.1260W. est ce que je:10.1126 / science.abb2507. PMC 7164637. PMID 32075877.
  126. ^ Mandelbaum RF (19 février 2020). "Les scientifiques créent une image au niveau atomique du talon d'Achille potentiel du nouveau coronavirus". Gizmodo. Archivé à partir de l'original le 8 mars 2020. Récupéré 13 mars 2020.
  127. ^ une b c Aronson JK (25 mars 2020). "Coronavirus - une introduction générale". Centre for Evidence-Based Medicine, Nuffield Department of Primary Care Health Sciences, Université d'Oxford. Archivé à partir de l'original le 22 mai 2020. Récupéré 24 mai 2020.
  128. ^ Xu X, Chen P, Wang J, Feng J, Zhou H, Li X et al. (Mars 2020). "Évolution du nouveau coronavirus à partir de l'épidémie en cours à Wuhan et modélisation de sa protéine de pointe pour le risque de transmission humaine". Science Chine Sciences de la vie. 63 (3): 457–460. est ce que je:10.1007 / s11427-020-1637-5. PMC 7089049. PMID 32009228.
  129. ^ Letko M, Munster V (janvier 2020). "Évaluation fonctionnelle de l'entrée cellulaire et de l'utilisation des récepteurs pour les β-coronavirus de la lignée B, y compris le 2019-nCoV" (PDF). bioRxiv (pré-impression). est ce que je:10.1101/2020.01.22.915660. PMC 7217099. PMID 32511294. Archivé (PDF) à partir de l'original le 22 avril 2020. Récupéré 5 mai 2020.
  130. ^ El Sahly HM. «Caractérisation génomique du nouveau coronavirus 2019». Le New England Journal of Medicine. Archivé à partir de l'original le 17 février 2020. Récupéré 9 février 2020.
  131. ^ "La nouvelle structure du coronavirus révèle des cibles pour les vaccins et les traitements". Instituts nationaux de la santé (NIH). 2 mars 2020. Archivé à partir de l'original le 1 avril 2020. Récupéré 3 avril 2020.
  132. ^ Wang K, Chen W, Zhou YS, Lian JQ, Zhang Z, Du P, et al. (14 mars 2020). "Le SRAS-CoV-2 envahit les cellules hôtes via une nouvelle voie: la protéine CD147-spike" (PDF). bioRxiv (pré-impression). est ce que je:10.1101/2020.03.14.988345. S2CID 214725955. Archivé (PDF) à partir de l'original le 11 mai 2020. Récupéré 5 mai 2020.
  133. ^ "Anatomie d'un tueur: comprendre le SRAS-CoV-2 et les médicaments qui pourraient en diminuer la puissance". L'économiste. 12 mars 2020. Archivé à partir de l'original le 14 mars 2020. Récupéré 14 mars 2020.
  134. ^ Oberholzer M, Febbo P (19 février 2020). "Ce que nous savons aujourd'hui sur le coronavirus SARS-CoV-2 et où allons-nous à partir de maintenant". Actualités sur le génie génétique et la biotechnologie. Archivé à partir de l'original le 14 mars 2020. Récupéré 13 mars 2020.
  135. ^ Ma J (13 mars 2020). "Coronavirus: le premier cas confirmé de Covid-19 en Chine remonte au 17 novembre". Message du matin de la Chine du Sud. Archivé à partir de l'original le 13 mars 2020. Récupéré 16 mars 2020.
  136. ^ une b c e F "Tableau de bord COVID-19 par le Center for Systems Science and Engineering (CSSE) de l'Université Johns Hopkins (JHU)". ArcGIS. Université Johns Hopkins. Récupéré 6 décembre 2020.
  137. ^ Maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) Rapport de situation - 69 (Rapport). Organisation mondiale de la santé. 29 mars 2020. hdl:10665/331615.
  138. ^ Wee SL, McNeil Jr. DG, Hernández JC (30 janvier 2020). "W.H.O. déclare une urgence mondiale alors que le coronavirus de Wuhan se propage". Le New York Times. Archivé à partir de l'original le 30 janvier 2020. Récupéré 30 janvier 2020.
  139. ^ McKay B, Calfas J, Ansari T (11 mars 2020). "Coronavirus déclaré pandémie par l'Organisation mondiale de la santé". Le journal de Wall Street. Archivé à partir de l'original le 11 mars 2020. Récupéré 12 mars 2020.
  140. ^ Rocklöv J, Sjödin H, Wilder-Smith A (février 2020). "Épidémie de COVID-19 sur le bateau de croisière Diamond Princess: estimation du potentiel épidémique et de l'efficacité des contre-mesures de santé publique". Journal of Travel Medicine. 27 (3). est ce que je:10.1093 / jtm / taaa030. PMC 7107563. PMID 32109273.
  141. ^ Dhama K, Khan S, Tiwari R, Sircar S, Bhat S, Malik YS, et al. (24 juin 2020). «Maladie à coronavirus 2019 - COVID-19». Examens en microbiologie clinique. 33 (4). est ce que je:10.1128 / CMR.00028-20. ISSN 0893-8512. PMC 7405836. PMID 32580969.
  142. ^ Branswell H (30 janvier 2020). "Les données limitées sur le coronavirus peuvent fausser les hypothèses sur la gravité". STAT. Archivé à partir de l'original le 1 février 2020. Récupéré 13 mars 2020.
  143. ^ Wu JT, Leung K, Leung GM (février 2020). "Prévision immédiate et prévision de la propagation potentielle nationale et internationale de l'épidémie de 2019-nCoV originaire de Wuhan, Chine: une étude de modélisation". The Lancet. 395 (10225): 689–697. est ce que je:10.1016 / S0140-6736 (20) 30260-9. PMC 7159271. PMID 32014114.
  144. ^ Boseley S, McCurry J (30 janvier 2020). "Les décès dus aux coronavirus bondissent en Chine alors que les pays luttent pour évacuer les citoyens". Le gardien. Archivé à partir de l'original le 6 février 2020. Récupéré 10 mars 2020.
  145. ^ Paulinus A (25 février 2020). "Coronavirus: la Chine récompensera l'Afrique pour la protection de la santé publique". Le soleil. Archivé à partir de l'original le 9 mars 2020. Récupéré 10 mars 2020.

Lectures complémentaires

Liens externes

Classification

Pin
Send
Share
Send